12 Myth About Hunger

Why so much hunger?

What can we do about it?

To answer these questions we must unlearn much of what we have been taught.

Only by freeing ourselves from the grip of widely held myths can we grasp the roots of hunger and see what we can do to end it.

Myth 1
Not Enough Food to Go Around

Reality: Abundance, not scarcity, best describes the world’s food supply. Enough wheat, rice and other grains are produced to provide every human being with 3,500 calories a day. That doesn’t even count many other commonly eaten foods – vegetables, beans, nuts, root crops, fruits, grass-fed meats, and fish. Enough food is available to provide at least 4.3 pounds of food per person a day worldwide: two and half pounds of grain, beans and nuts, about a pound of fruits and vegetables, and nearly another pound of meat, milk and eggs-enough to make most people fat! The problem is that many people are too poor to buy readily available food. Even most “hungry countries” have enough food for all their people right now. Many are net exporters of food and other agricultural products.

Myth 2
Nature’s to Blame for Famine

Reality: It’s too easy to blame nature. Human-made forces are making people increasingly vulnerable to nature’s vagaries. Food is always available for those who can afford it—starvation during hard times hits only the poorest. Millions live on the brink of disaster in south Asia, Africa and elsewhere, because they are deprived of land by a powerful few, trapped in the unremitting grip of debt, or miserably paid. Natural events rarely explain deaths; they are simply the final push over the brink. Human institutions and policies determine who eats and who starves during hard times. Likewise, in America many homeless die from the cold every winter, yet ultimate responsibility doesn’t lie with the weather. The real culprits are an economy that fails to offer everyone opportunities, and a society that places economic efficiency over compassion.

Myth 3
Too Many People

Reality: Birth rates are falling rapidly worldwide as remaining regions of the Third World begin the demographic transition—when birth rates drop in response to an earlier decline in death rates. Although rapid population growth remains a serious concern in many countries, nowhere does population density explain hunger. For every Bangladesh, a densely populated and hungry country, we find a Nigeria, Brazil or Bolivia, where abundant food resources coexist with hunger. Costa Rica, with only half of Honduras’ cropped acres per person, boasts a life expectancy—one indicator of nutrition —11 years longer than that of Honduras and close to that of developed countries. Rapid population growth is not the root cause of hunger. Like hunger itself, it results from underlying inequities that deprive people, especially poor women, of economic opportunity and security. Rapid population growth and hunger are endemic to societies where land ownership, jobs, education, health care, and old age security are beyond the reach of most people. Those Third World societies with dramatically successful early and rapid reductions of population growth rates-China, Sri Lanka, Colombia, Cuba and the Indian state of Kerala-prove that the lives of the poor, especially poor women, must improve before they can choose to have fewer children.

Myth 4
The Environment vs. More Food?

Reality: We should be alarmed that an environmental crisis is undercutting our food-production resources, but a tradeoff between our environment and the world’s need for food is not inevitable. Efforts to feed the hungry are not causing the environmental crisis. Large corporations are mainly responsible for deforestation-creating and profiting from developed-country consumer demand for tropical hardwoods and exotic or out-of-season food items. Most pesticides used in the Third World are applied to export crops, playing little role in feeding the hungry, while in the U.S. they are used to give a blemish-free cosmetic appearance to produce, with no improvement in nutritional value.

Alternatives exist now and many more are possible. The success of organic farmers in the U.S. gives a glimpse of the possibilities. Cuba’s recent success in overcoming a food crisis through self-reliance and sustainable, virtually pesticide-free agriculture is another good example. Indeed, environmentally sound agricultural alternatives can be more productive than environmentally destructive ones.

Myth 5
The Green Revolution is the Answer

Reality: The production advances of the Green Revolution are no myth. Thanks to the new seeds, million of tons more grain a year are being harvested. But focusing narrowly on increasing production cannot alleviate hunger because it fails to alter the tightly concentrated distribution of economic power that determines who can buy the additional food. That’s why in several of the biggest Green Revolution successes—India, Mexico, and the Philippines—grain production and in some cases, exports, have climbed, while hunger has persisted and the long-term productive capacity of the soil is degraded. Now we must fight the prospect of a ‘New Green Revolution’ based on biotechnology, which threatens to further accentuate inequality.

Myth 6
We Need Large Farms

Reality: Large landowners who control most of the best land often leave much of it idle. Unjust farming systems leave farmland in the hands of the most inefficient producers. By contrast, small farmers typically achieve at least four to five times greater output per acre, in part because they work their land more intensively and use integrated, and often more sustainable, production systems. Without secure tenure, the many millions of tenant farmers in the Third World have little incentive to invest in land improvements, to rotate crops, or to leave land fallow for the sake of long-term soil fertility. Future food production is undermined. On the other hand, redistribution of land can favor production. Comprehensive land reform has markedly increased production in countries as diverse as Japan, Zimbabwe, and Taiwan. A World Bank study of northeast Brazil estimates that redistributing farmland into smaller holdings would raise output an astonishing 80 percent.

Myth 7
The Free Market Can End Hunger

Reality: Unfortunately, such a “market-is-good, government-is-bad” formula can never help address the causes of hunger. Such a dogmatic stance misleads us that a society can opt for one or the other, when in fact every economy on earth combines the market and government in allocating resources and distributing goods. The market’s marvelous efficiencies can only work to eliminate hunger, however, when purchasing power is widely dispersed.

So all those who believe in the usefulness of the market and the necessity of ending hunger must concentrate on promoting not the market, but the consumers! In this task, government has a vital role to play in countering the tendency toward economic concentration, through genuine tax, credit, and land reforms to disperse buying power toward the poor. Recent trends toward privatization and de-regulation are most definitely not the answer.

Myth 8
Free Trade is the Answer

Reality: The trade promotion formula has proven an abject failure at alleviating hunger. In most Third World countries exports have boomed while hunger has continued unabated or actually worsened. While soybean exports boomed in Brazil-to feed Japanese and European livestock-hunger spread from one-third to two-thirds of the population. Where the majority of people have been made too poor to buy the food grown on their own country’s soil, those who control productive resources will, not surprisingly, orient their production to more lucrative markets abroad. Export crop production squeezes out basic food production. Pro-trade policies like NAFTA and GATT pit working people in different countries against each other in a ‘race to the bottom,’ where the basis of competition is who will work for less, without adequate health coverage or minimum environmental standards. Mexico and the U.S. are a case in point: since NAFTA we have had a net loss of 250,000 jobs here, while Mexico has lost 2 million, and hunger is on the rise in both countries.

Myth 9
Too Hungry to Fight for Their Rights

Reality: Bombarded with images of poor people as weak and hungry, we lose sight of the obvious: for those with few resources, mere survival requires tremendous effort. If the poor were truly passive, few of them could even survive. Around the world, from the Zapatistas in Chiapas, Mexico, to the farmers’ movement in India, wherever people are suffering needlessly, movements for change are underway. People will feed themselves, if allowed to do so. It’s not our job to ‘set things right’ for others. Our responsibility is to remove the obstacles in their paths, obstacles often created by large corporations and U.S. government, World Bank and IMF policies.

Myth 10
More U.S. Aid Will Help the Hungry

Reality: Most U.S. aid works directly against the hungry. Foreign aid can only reinforce, not change, the status quo. Where governments answer only to elites, our aid not only fails to reach hungry people, it shores up the very forces working against them. Our aid is used to impose free trade and free market policies, to promote exports at the expense of food production, and to provide the armaments that repressive governments use to stay in power. Even emergency, or humanitarian aid, which makes up only five percent of the total, often ends up enriching American grain companies while failing to reach the hungry, and it can dangerously undercut local food production in the recipient country. It would be better to use our foreign aid budget for unconditional debt relief, as it is the foreign debt burden that forces most Third World countries to cut back on basic health, education and anti-poverty

Myth 11
We Benefit From Their Poverty

Reality: The biggest threat to the well-being of the vast majority of Americans is not the advancement but the continued deprivation of the hungry. Low wages-both abroad and in inner cities at home-may mean cheaper bananas, shirts, computers and fast food for most Americans, but in other ways we pay heavily for hunger and poverty. Enforced poverty in the Third World jeopardizes U.S. jobs, wages and working conditions as corporations seek cheaper labor abroad. In a global economy, what American workers have achieved in employment, wage levels, and working conditions can be protected only when working people in every country are freed from economic desperation.

Here at home, policies like welfare reform throw more people into the job market than can be absorbed-at below minimum wage levels in the case of ‘workfare’-which puts downward pressure on the wages of those on higher rungs of the employment ladder. The growing numbers of ‘working poor’ are those who have part- or full-time low wage jobs yet cannot afford adequate nutrition or housing for their families. Educating ourselves about the common interests most Americans share with the poor in the Third World and at home allows us to be compassionate without sliding into pity. In working to clear the way for the poor to free themselves from economic oppression, we free ourselves as well.

Myth 12
Curtail Freedom to End Hunger?

Reality: There is no theoretical or practical reason why freedom, taken to mean civil liberties, should be incompatible with ending hunger. Surveying the globe, we see no correlation between hunger and civil liberties. However, one narrow definition of freedom-the right to unlimited accumulation of wealth-producing property and the right to use that property however one sees fit-is in fundamental conflict with ending hunger. By contrast, a definition of freedom more consistent with our nation’s dominant founding vision holds that economic security for all is the guarantor of our liberty. Such an understanding of freedom is essential to ending hunger.

12 Myths About Hunger based on World Hunger: 12 Myths, 2nd Edition, by Frances Moore Lappé, Joseph Collins and Peter Rosset, with Luis Esparza (fully revised and updated, Grove/Atlantic and Food First Books, Oct. 1998)

Institute for Food and Development Policy Backgrounder

Summer 1998, Vol.5, No. 3

Ku mencari dan kan terus mencari

Ku mencari dan kan terus mencari

Tak tahu apa yang akan kutemui

Gelap terang lalu lalang melintang

Terjebak dalam gelap yang gemerlap

Kudapatkan secercah sinar semu



Mencari dan kan terus mencari

Berjalan terhuyung dan jatuh

Merangkak, jongkok dan bangkit


Kumencari dan kan terus mencari

Ada setitik sinar cerah disana

Ada seberkas harapan menanti disana

Mampu dan mampukah diri ini menggapainya

Setulus sinar mentari, sebening embun pagi

namun gelap itu masih menyelimuti


Mencari dan kan terus mencari

Bicara tanpa kata, mendengar tanpa suara

Melihat yang tak terlihat, berpikir yang tak terpikir



“Metode Penelitian” Itu Bernama Surat An Nur 35

“Di Maiyahan Mocopat Syafaat 17 Maret 2013 yang lalu saya mendapatkan bahan baru dari Cak Nun, yakni ketika beliau mengatakan bahwa Surat An Nur ayat 35 merupakan sebuah “metode penelitian“ yang canggih. Saya tentu saja bengong, kaget dan bercampur penasaran. Meski sudah doktor dan insya Allah hampir profesor, otak saya ternyata masih bundel, sehingga tidak pernah berfikir sejauh ini. Jika benar (dan kita harus yakin benar) apa yang dikatakan Cak Nun, barangkali ini satu “lompatan ilmiah” yang belum dilakukan oleh orang yang mengaku ilmuwan di mananpun di dunia ini.

Apa yang dikemukakan Cak Nun tersebut membuktikan bahwa Qur’an merupakan gudangnya ilmu pengetahuan. Sayang sampai saat ini orang hanya membacanya saja dalam arti literer, sehingga yang didapatkan „hanyalah“ kesadaran religus atau kepuasan spiritual, namun kurang mendapatkan informasi intelektual (yang nantinya juga akan berpuncak kepada spiritual).

Dalam dunia ilmiah, saat ini setidaknya ada dua metode penelitian yang sangat populer, yang umumnya juga sering dipertentangkan penggunaannya, dan bukan disandingkan. Metode itu ialah metode penelitian kualitatif dan metode penelitian kuantitatif. Metode penelitian kualitatif-naturalistik memiliki karakter : 1). Bertujuan memperoleh gambaran yang lebih mendalam tentang suatu fenomena; 2). Bertujuan untuk memahami makna dari suatu fenomena; 3). Memandang fenomena secara utuh dan holistik; 4). Desain penelitian bersifat emergensi, artinya terbuka untuk disempurnakan.

Metode kualitatif memulai dengan definisi dan konsep yang umum, melakukan pengamatan dengan lensa yang lebar, mencari pola-pola antarhubungan dan antarkonsep yang sebelumnya tidak ditentukan. Untuk mencapai tujuan penelitian kualitatif seperti ini, langkah yang diambil adalah :  (l) membangun model teori melalui pengembangan unsur teori dan unsur kajian yang telah ada, (2) mengumpulkan data melalui informan sesuai dengan data yang dibutuhkan, (3) menetapkan peneliti sendiri sebagai instrumen utama penelitian, (4) melakukan analisis data secara kualitatif, yang dilakukan baik ketika berada di lapangan maupun setelah pekerjaan lapangan selesai.

Sedangkan yang disebut metode penelitian kuantitatif adalah penelitian yang menggunakan logika positivistik dan menghindari hal-hal yang bersifat subyektif. Untuk itu, proses penelitiannya mengikuti prosedur yang telah direncanakan, karena tujuan dari penelitian kuantitatif adalah untuk menyusun ilmu nomotetik yaitu ilmu yang berupaya membuat hukum-hukum dari generalisasinya. Jadi subyek yang diteliti, data yang dikumpulkan, dan sumber data yang dibutuhkan, serta alat pengumpul data yang dipakai, harus sesuai dengan apa yang telah direncanakan sebelumnya. Dalam hal ini pengumpulan data dilakukan melalui pengukuran dengan menggunakan alat yang obyektif dan baku, melibatkan penghitungan angka atau kuantifikasi data.

Karenanya dapat dipahami jika peneliti menempatkan diri secara terpisah dengan obyek penelitian, dalam arti dirinya tidak terlibat secara emosional dengan subyek penelitian. Analisis data dilakukan setelah semua data terkumpul, dan dalam analisis data, peneliti dituntut memahami teknik-teknik statistik. Hasil akhir dari penelitian kuantitatif adalah generalisasi dan prediksi, lepas dari konteks waktu dan situasi.

Metode lain yang populer adalah grounded research diperkenalkan oleh Glaserdan Strauss (1967). Dalam metode ini berlawanan sama sekali dengan pendekatan klasikal, karena pada pendekatan klasikal, penelitian menggunakan logika deduksi-hipotesis-verifikatif atau disebut juga dengan penelitian verifikatif. Umumnya penelitian ex post facto, beranjak dari teori kemudian dijabarkan menjadi hipotesa-hipotesa sesuai dengan masalah yang ingin dipecahkan, lalu diadakan verifikasi untuk menguji kebenaran hipotesa.

Namun grounded research bertolak dari level fakta (empirik), dan dari fakta (empirik) tanpa teori bergerak menuju level konseptual. Pada pendekatan ini, dari data suatu konsep, hipotesa dan teori dibangun. Pada penelitian Grounded, peneliti langsung terjun ke lapangan tanpa membawa rancangan konseptual, teori dan hipotesis tertentu. Bahkan secara provokatif sering dikatakan agar peneliti ketika terjun ke lapangan dengan “kepala kosong” untuk menyingkirkan sikap, pandangan, keberpihakkan terhadap teori atau mazhab ilmu tertentu, yang dikhawatirkan menjadi bahaya besar bagi penyusunan teori, dan sepenuhnya berpedoman kepada apa yang ditemukannya di lapangan

Walaupun barangkali peneliti memiliki desain atau perencanaan penelitian hingga tuntas, namun kesemuanya itu bersifat fleksibel, bahkan boleh jadi tidak dipakai sama sekali dalam proses penelitian sehingga tidak terjebak pada kecenderungan studi verifikatif yang memaksakan level empirikal menyesuaikan diri dengan level konseptual teoritikal, dengan demikian, apa yang ditemukan berupa konsep, proposisi, dan teori, benar-benar berdasarkan data yang dikembangkan secara induktif.

Lalu Bagaimana An Nur 35 ?

Difirmankan dalam Surat An Nur 35 :

Tafsir An Nur 35

Allah (Pemberi) cahaya (kepada) langit dan bumi. Perumpamaan cahaya-Nya adalah seperti sebuah lubang yang tak tembus, yang di dalamnya ada pelita besar. Pelita itu di dalam kaca (dan) kaca itu seakan-akan bintang (yang bercahaya) seperti mutiara, yang dinyalakan dengan minyak dari pohon yang banyak berkahnya, (yaitu) pohon zaitun yang tumbuh tidak di sebelah timur (sesuatu) dan tidak pula di sebelah barat(nya), yang minyaknya (saja) hampir-hampir menerangi, walaupun tidak disentuh api. Cahaya di atas cahaya (berlapis-lapis), Allah membimbing kepada cahaya-Nya siapa yang Dia kehendaki, dan Allah memperbuat perumpamaan-perumpamaan bagi manusia, dan Allah Mahamengetahui segala sesuatu. (QS. 24:35)

Tentu banyak tafsir mengenai apa itu cahaya. Menurut Cak Nun, Surat An Nur 35 ini merupakan satu “metode penelitian” yang ditawarkan Allah kepada manusia secara luar biasa. Metode ini tentu saja mengatasi berbagai metode penelitian yang ditawarkan manusia sebagaimana saya sebutkan sebelumnya. Dalam An Nur 35 tersebut jelas Allah adalah cahaya itu sendiri, dan manusia diperintahkan untuk mencarinya! Bukankah proses mencari adalah “ruh” utama sebuah penelitian? Tentu surat an Nur 35 lebih lengkap lagi dibanding metode kualitatif-kuantitatif dan grounded di atas, karena pencarian yang dimaksud di surat ini sampai kepada puncak tertinggi, yakni Allah.

Sebaliknya metode penelitian yang ditawarkan manusia hanya sampai pada tingkat fenomena atau gejala alam dan sosial, yang hanya merupakan bagian kecil dari kehadiran Allah. Istilahnuurun ala nur sungguh luar biasa. Cahaya yang berlapis-lapis, dan manusia diperintahkan menuju cahaya ! Karena cahaya berlapis-lapis, berarti tidak ada kata berkesudahan. Allah (Pemberi) cahaya (kepada) langit dan bumi. Perumpamaan cahaya-Nya.” boleh jadi orang yang dikehendakiNya, untuk diresapkan keimanan dan al-Qur-an ke dalam dadanya. Ini hak prerogratif Allah, dan manusia harus mencarinya, atau menawarkan diri kepada Allah agar dipilih untuk diberi cahayaNya.

Perumpamaan ini adalah satu kerja besar mencari dan mencari. Kerja besar itu diantaranya meningkatkan daya kompatibilitas kita agar dapat menyesuaikan diri dengan “chip” yang diberikan Allah sehingga kerja “komputer” di badan dan jiwa kita sesuai dengan kehendakNya. Proses mempersiapkan diri ini adalah proses yang tak berkesudahan sampai optimal program “komputer” di badan dan jiwa kita, agar selalu up to date, tidak letoy apalagi hang! Istilahzujajah (tabung kaca) bisa jadi itu akal pikiran dan sebagainya sebagai alat untuk  mengolah itu semua.

Firman Allah: Tafsir An Nur 35 ayat 9 “Perumpamaan cahaya-Nya,” ada dua pendapat berkaitan dengandhamir (kata ganti orang ketiga) dalam ayat ini, yakni Dhamir tersebut kembali kepada Allah, atau perumpamaan petunjuk-Nya dalam hati seorang Mukmin seperti misykaah (lubang yang tak tembus) atau ada yang memaknai jasad manusia. Allah juga menyamakan kemurnian hati seorang Mukmin dengan lentera dari kaca yang tipis dan mengkilat, menyamakan hidayah al-Qur-an dan syari’at yang dimintanya dengan minyak zaitun yang bagus lagi jernih, bercahaya dan tegak, tidak kotor dan tidak bengkok.

Kalau Cak Nun mengatakan mishbaah itu qolbu, maka ia memiliki kompatibilitas yang tinggi sehingga tidak memiliki batas-batas. Karenanya qolbu harus ditempatkan dalam zujajah(tabung kaca) justru agar dapat “mengatur’ kompatibilitasnya. Boleh jadi qolbu ini ada beberapa tingkatannya. Pertama, qalbun ajrad (hati yang polos tak bernoda) di dalamnya seperti ada pelita yang bersinar. Kedua, qalbun aghlaf (hati yang tertutup) yang terikat tutupnya. Ketiga, qalbun mankuus (hati yang terbalik). Keempat, qalbun mushfah (hati yang terlapis). Adapun qalbun ajrad adalah hati seorang Mukmin, pelita dalam hatinya adalah cahaya, qalbun aghlaf adalah hati orang kafir, qalbun mankuus adalah hati orang munafik, yang mengetahui kemudian mengingkari. Qalbun mushfah adalah hati yang di dalamnya bercampur iman dan nifak, iman yang ada di dalamnya seperti tanaman yang disirami air yang segar dan nifak yang ada di dalamnya seperti bisul yang disirami darah dan nanah, mana dari dua unsur di atas yang lebih dominan, maka itulah yang akan menguasai hatinya.

Kalau Allah berfirman “Pelita itu di dalam kaca,” cahaya tersebut memancar dalam kaca yang bening, maka maksudnya adalah perumpamaan hati seorang Mukmin, (Dan) kaca itu seakan-akan bintang (yang bercahaya) seperti mutiara,” Karena bintang apabila dilontarkan akan lebih bercahaya daripada kondisi-kondisi lainnya. Berbeda dengan cahaya matahari, bulan, bintang atau lampu, yang baru menampakkan benda-benda yang ia tuju, sebaliknya cahaya Allah adalah abadi dan akan menuntun manusia sampai menuju kebahagiaan sejati di akherat nanti.

Firman Allah: Tafsir An Nur 35 ayat 15 “Yang dinyalakan dengan minyak dari pohon yang banyak berkahnya,” yaitu berasal dari minyak zaitun, pohon yang penuh berkah, yakni pohon zaitun, Yang tumbuh tidak di sebelah timur (sesuatu) dan tidak pula di sebelah barat(nya),”tempat tumbuhnya bukan di sebelah timur hingga tidak terkena sinar matahari di awal siang dan bukan pula di sebelah barat hingga tertutupi bayangan sebelum matahari terbenam, namun letaknya di tengah, terus disinari matahari sejak pagi sampai sore. Sehingga minyak yang dihasilkannya jernih, sedang dan bercahaya (Tafsir Ibnu Katsir).

Tafsirnya barangkali seorang Mukmin yang terpelihara dari fitnah-fitnah. Adakalanya memang ia tertimpa fitnah, namun Allah meneguhkannya, ia selalu berada dalam empat keadaan berikut: Jika berkata ia jujur, jika menghukum ia berlaku adil, jika diberi cobaan ia bersabar dan jika diberi, ia bersyukur. Firman Allah: “(Yaitu), yang minyaknya (saja) hampir-hampir menerangi, walaupun tidak disentuh api. Firman ini juga menunjukkan kekuasaan bahwaAllah membimbing kepada cahaya-Nya siapa yang Dia kehendaki,” Allah membimbing kepada hidayah bagi siapa yang Dia kehendaki. Selanjutnya pohon zaitun yang tidak tumbuh di Barat atau Timur juga menunjukkan ajaran Islam yang moderat, demokratis, dan di tengah-tengah, atau Rasululloh SAW mengatakan yang sedang-sedang saja.

Betapa dahsyatnya surat An Nur 35 ini karena menegaskan manusia untuk menuju cahaya. Ini berarti proses yang maha panjang, tidak berkesudahan, dan berarti pula manusia disuruh selalu berpikir, meneliti, berdiskusi, mempertanyakan kembali, tanpa putus-putusnya. Proses ini boleh jadi dapat dilalui dengan berbagai ”metode”, syariah, sahadah, mekanisme tauhid dan seterusnya untuk menuju cahaya Allah. Sudah pasti ”metode” untuk sampai pada tataran ini sangat canggih, melebihi metode penelitian ciptaan manusia.

Jadi ibadah mahdoh dan sebagainya, hanyalah ”metode” dan bukan ”tujuan”. Untuk menuju cahaya Allah, Rosululloh SAW mengajarkan ”metode riset aksi (action research)” di Madinah, yakni untuk memajukan kesejahteraan dan peradaban. Perubahan ekonomi, sosial, budaya, teknologi, dst, hanya dapat diperoleh dari ”riset aksi” yang metodenya ada di Surat An Nur 35 tersebut. Orang yang sampai kepada cahaya Allah barangkali tidak dapat diukur atau dilihat secara pasti, namun setidaknya dapat dilihat dari output sosial-nya. Jadi jangan dibalik, dilihatinput mahdoh-nya.

Ruar biasa!

oleh:Saratri Wilonoyudho 

Source: http://www.caknun.com/2013/metode-penelitian-itu-bernama-surat-an-nur-35/

Mengenal Teknik DNA Sequencing

Bagaimana prinsip analisa DNA Sequencing berbasis Sanger Method yang fenomenal dan kini menjadi andalah jutaan ilmuwan di seluruh dunia?


Informasi genetik pada suatu makhluk hidup tersimpan pada DNA-nya. Nah, untuk mengetahui informasi genetik tersebut digunakan teknik DNA Sequencing, yaitu metode yang digunakan untuk menentukan urutan basa nukleotida (adenineguaninecytosine danthymine) pada molekul DNA. Saat ini teknik DNA Sequencing sudah memasuki tahap baru yang mengarah pada large scale atau high-throughput sequencing, jutaan bahkan miliaran basa nukleotida DNA dapat ditentukan urutannya dalam sekali run saja.
Meskipun begitu, teknik lama berbasis chain-termination masih umum digunakan, bahkan sangat efisien untuk menentukan sekuen DNA fragmen pendek (masih dalam hitungan kilobasa). Jadi ditemukannya teknik DNA Sequencing yang lebih canggih tidak serta merta bakal menggusur mesin-mesin capillary sequencing yang sudah “merajalela” di berbagai laboratorium biologi molekuler di seluruh dunia.

Artikel ini akan membahas prinsip dasar dan protokol DNA sequencing berbasis metode chain-termination menggunakan mesin automated capillary sequencer.

Prinsip Dasar DNA Sequencing

DNA sequencing menggunakan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) sebagai pijakannya. DNA yang akan ditentukan urutan basa ACGT-nya dijadikan sebagai cetakan (template) untuk kemudian diamplifikasi menggunakan enzim dan bahan-bahan yang mirip dengan reaksi PCR, namun ada penambahan beberapa pereaksi tertentu. Proses ini dinamakan cycle sequencing.



Proses Cycle Sequencing (Image from appliedbiosystems.com)


Jadi yang membedakan cycle sequencing dengan PCR biasa adalah:

  • Primer yang digunakan hanya satu untuk satu arah pembacaan, tidak dua (sepasang) seperti PCR
  • ddNTPs (dideoxy-Nucleotide Triphosphate) adalah modifikasi dari dNTPs dengan menghilangkan gugus 3′-OH pada ribosa.

Struktur molekul dNTP dan ddNTP, perhatikan bedanya (Image from csa.fi.it)


Saat proses ekstensi, enzim polimerase akan membuat rantai baru DNA salinan dari template dengan menambahkan dNTP-dNTP sesuai dengan urutan pada DNA cetakannya. Nah, jika yang menempel adalah ddNTP, maka otomatis proses polimerisasi akan terhenti karena ddNTP tidak memiliki gugus 3′-OH yang seharusnya bereaksi dengan gugus 5′-Posfat dNTP berikutnya membentuk ikatan posfodiester.

Pada akhir cycle sequencing, yang dihasilkan adalah fragmen-fragmen DNA dengan panjang bervariasi. Jika fragmen-fragmen tersebut dipisahkan dengan elektroforesis, maka akan terpisah-pisah dengan jarak antar fragmennya satu basa-satu basa. Lalu bagaimana caranya menentukan urutan basa DNA dari produk cycle sequencing ini?

Cara Klasik

Metode yang pertama kali dikembangkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975, yaitu dengan melakukan reaksi cycle sequencing pada empat tabung terpisah yang masing-masing berisi semua pereaksi yang dibutuhkan. Khusus untuk ddNTP, yang ditambahkan hanya 1 jenis untuk setiap tabung. Setiap tabung diberi tanda, A jika yang ditambahkan adalah ddATP, G jika ddGTP, C jika ddCTP dan T jika ddTTP.

Setelah reaksi cycle sequencing selesai, keempat hasil reaksi tersebut dilarikan pada gel electrophoresis sehingga fragmen-fragmen yang dihasilkan dapat terpisah. Urutan basa DNA dapat ditentukan dengan mengurutkan fragmen yang muncul dimulai dari yang paling bawah (paling pendek). Fragmen DNA dapat divisualisasi karena primer yang digunakan dilabel dengan radioaktif atau fluorescent. Pada teknik lain, bukan primer yang dilabel melainkan dNTP.


Prinsip Sanger Method dengan primer labelling (Image from noaa.gov)


Dye Primers dengan Label Berbeda

Agar proses pemisahan fragmen pada gel electrophoresis bisa digabung dalam 1 lajur saja, digunakanlah pelabel fluorescent dengan 4 warna berbeda untuk setiap reaksi cycle sequencing.


Prinsip Sanger Method dengan primer fluorescent labelling yang berbeda-beda (Image from appliedbiosystems.com)


Dengan teknik ini visualisasi dan penentuan urutan basa dapat dilakukan dengan lebih mudah karena keempat reaksi dipisahkan dalam satu lajur electrophoresis dengan 4 warna berbeda. Coba bandingkan cara ini dengan cara sebelumnya, lebih mudah mana membacanya?

Radioactive Fluorescent Seq

Pembacaan sekuen DNA, lebih mudah mana? (Image from wikipedia.org)


Dye-Terminators Sequencing

Cara yang lebih simple akhirnya ditemukan juga. Para ilmuwan cerdas menemukan cara untuk melabel ddNTP dengan 4 label fluorescent yang berbeda-beda untuk ddATP, ddCTP, ddGTP dan ddTTP. Dengan demikian, reaksi cycle sequencing dapat dilakukan dalam 1 tabung reaksi dan dirun pada satu lajur gel electrophoresis saja. Sangat simple dan cepat.


Prinsip Sanger Method dengan dye dideoxy terminator (Image from appliedbiosystems.com)


Dengan ditemukannya mesin Automated Capillary Sequencer, proses pemisahan fragmen dan pembacaan urutan basa DNA dapat dilakukan dengan lebih simple, cepat dan terotomatisasi. Jumlah kapiler pada mesin ini bervariasi, mulai dari 1, 4, 16, 48 hingga 96 kapiler dalam satu mesin, semakin banyak jumlah kapiler, semakin banyak pula jumlah sampel DNA yang bisa ditentukan urutan basanya.

Hasil pembacaan mesin sequencer disebut electropherogram, yaitu peak-peak berwarna yang menunjukkan urutan basa DNA-nya.


Contoh Electropherogram (image from ggpht.com)


Teknik DNA Sequencing yang berbasis fragment analysis saat ini tidak hanya digunakan untuk menentukan urutan basa-basa DNA semata, tapi bisa dikembangkan untuk berbagai aplikasi, seperti penentuan SNP (Single Nucleotide Polymorphism), analisa keragaman genetik seperti DNA Microsatellite dan AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), community analysis seperti tRFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) dan segudang aplikasi lainnya. Banyaknya aplikasi DNA Sequencing kapiler ini menunjukkan bahwa metode ini –meskipun kini tergolong “lambat” setelah ditemukannya high-throughput sequencing– akan tetap jadi primadona dan andalan para life-scientist di seluruh dunia. Dan tak heran pula jika Frederick Sanger menerima hadiah Nobel bidang kimia untuk kedua kalinya di tahun 1980 atas penemuannya ini.

Do’a Agar Dianugerahi Akhlak Mulia Dan Dilindungi Dari Nafsu

Di antara do’a lainnya yang disebutkan oleh An Nawawi rahimahullah dalam kitab Riyadhush Sholihin yaitu do’a yang ringkas namun penuh makna adalah do’a berikut ini. Do’a ini berisi permintaan agar dianugerahi akhlak yang mulia, juga agar diberikan taufik untuk dapat beramal sholih.

Do’a tersebut adalah: “Allahumma inni a’udzu bika min munkarotil akhlaaqi wal a’maali wal ahwaa’.”

Hadits yang menyebutkan do’a tersebut adalah:

Dari Ziyad bin ‘Ilaqoh dari pamannya, Nabi shallallahu ‘alaihi wa sallam membaca do’a,

اللَّهُمَّ إِنِّى أَعُوذُ بِكَ مِنْ مُنْكَرَاتِ الأَخْلاَقِ وَالأَعْمَالِ وَالأَهْوَاءِ

“Allahumma inni a’udzu bika min munkarotil akhlaaqi wal a’maali wal ahwaa’ [Ya Allah, aku berlindung kepadamu dari akhlaq, amal dan hawa nafsu yang mungkar].” (HR. Tirmidzi no. 3591, shahih)

Faedah dari hadits dan do’a di atas:

Pertama: Dalam do’a ini kita meminta perlindungan dari akhlak yang jelek. Do’a ini mencakup kita meminta berlindung dari akhlak yang jelek dari sisi syari’at. Termasuk pula kita meminta perlindungan pada Allah dari sesuatu yang dikenal jelek secara batin.

Kedua: Do’a ini mencakup berlindung dari akhlak mungkar seperti begitu takjub dengan diri sendiri, sombong, berbangga diri, hasad dan melampaui batas.

Ketiga: Do’a ini mencakup kita berlindung pada Allah dari amalan yang mungkar, yaitu amalan yang zhohir atau ditampakkan.

Keempat: Do’a berlindung dari amal yang mungkar mencakup zina, minum khomr dan bentuk keharaman lainnya.

Kelima: Do’a ini juga mencakup meminta perlindungan pada keinginan atau nafsu yang mungkar. Dan kebanyakan hawa nafsu mengantarkan kepada kejelekan, itulah umumnya.

Keenam: Do’a berlindung dari keinginan atau nafsu yang mungkar mencakup berlindung dari aqidah yang jelek, niatan-niatan yang batil, dan pemikiran yang sesat.

Ketujuh: Do’a ini mendorong kita agar berakhlak yang mulia dan beramal yang sholih.

Semoga yang singkat ini bermanfaat.


Nuhzatul Muttaqin Syarh Riyadhish Sholihin, Dr. Musthofa Sa’id Al Khin, hal. 1011, Muassasah Ar Risalah, cetakan keempat belas, 1407 H.

Tuhfatul Ahwadzi Bi Syarh Jaami’ At Tirmidzi, Al Mubarakfuri, 10/36, Darul Kutub Al ‘Ilmiyyah.aurora-original-918256.jpeg